Les séminaristes, se préparant au ministère ecclésial, suivent une formation de cinq ans. Elle comporte des cours au séminaire même et dans d'autres établissements universitaires parisiens, religieux et publics.

Pendant leur formation, les séminaristes vivent au séminaire. La formation intellectuelle est complétée par la vie liturgique et communautaire, des rencontres avec différentes personnalités invitées. Plusieurs formateurs accompagnent les séminaristes dans leurs travaux personnels et leur vie spirituelle.

Les séminaristes suivent également des stages pastoraux dans des paroisses, des hôpitaux et des écoles. Plusieurs pèlerinages dans des hauts lieux spirituels de l'Occident chrétien leur sont proposés au cours de l'année universitaire. Des rencontres avec des étudiants et des séminaristes d'autres diocèses sont recherchées et favorisées.

La formation interne est ouverte, en plus des séminaristes, à des auditeurs libres qui sont priés de contacter, pour les détails supplémentaires, le secrétariat du séminaire: rectorat@seminaria.fr.