Le conseil de discipline élabore les règles de la vie commune et veille à leur application, surveille la vie liturgique et spirituelle du séminaire, s’occupe de la résolution des problèmes dans les rapports entre enseignants et étudiants.

Les membres du conseil de discipline sont nommés par le chancelier du séminaire.

Actuellement, le conseil de discipline est présidé par l'hégoumène Nestor Sirotenko, doyen des paroisses du diocèse de Chersonèse en France.